Depuis 1990, les femmes remplissent et renvoient des auto-questionnaires tous les 2 à 3 ans. Elles sont interrogées sur leur mode de vie (alimentation, prise de traitements hormonaux...) d'une part, et sur l'évolution de leur état de santé d'autre part. Les informations ainsi recueillies sont complétées par des données biologiques : 25 000 volontaires ont effectué un prélèvement sanguin et près de 50 000, un prélèvement salivaire. Ces échantillons sont stockés à des fins de dosages ultérieurs.

Les données sur les facteurs de risque ont fait l'objet de plusieurs études de validation. Le taux de « perdues de vue » est très faible du fait de la possibilité qu'offre la MGEN de suivre les non-répondantes. Mais c'est avant tout grâce à la fidélité et à la constance des participantes, et grâce à la collaboration des médecins traitants, des laboratoires d'anatomo-pathologie et des établissements d'hospitalisation que l'étude E3N peut fournir tous ces résultats.

E3N est la composante française d’EPIC (European Prospective Investigation into Cancer and nutrition), vaste étude européenne coordonnée par le Centre International de Recherches sur le Cancer (CIRC) portant sur 500 000 européens, hommes et femmes, dans 10 pays.

Du fait de sa forte incidence, le cancer du sein a été étudié en priorité.